Proces sastavljanja IPA Programa prekogranične saradnje Crna Gora – Kosovo 2014-2020 je trajao osam mjeseci, od sredine septembra 2013. godine do sredine maja 2014. godine. Međutim, pripreme koje uključuju obje Operativne strukture su počele u junu 2013. godine i trajale do maja 2014. godine tokom kojih je programski dokument revidiran dva puta. Zainteresovane strane su često konsultovane i zamoljene da daju informacije (npr. opštinske i regionalne statistike i strategije, nacionalne i domaće statistike, politička dokumenta i strategije, donatorske publikacije i inicijative, itd.). Pored toga, preduzete su sledeće inicijative i organizovani događaji kao dio programskog procesa:
- Osnovana je zajednička radna grupa (ZRG) koja se sastoji od zastupnika zainteresovanih strana kako iz Crne Gore, tako i sa Kosova za pripremu ovog programa prekogranične saradnje;
- Istraživanje o prekograničnoj saradnji između regionalnih aktera u ovom programskom području (opštine, udruženja sektora/NVO i MSP) je izrađeno, podijeljeno, prikupljeno, obrađeno i analizirano;
- Detaljni intervjui sa predstavnicima resornih ministarstava obavljeni su u oktobru 2013. godine;
- Dvije radionice su organizovane za članove centralne Zajedničke radne grupe, 25. septembra 2013. godine u Podgorici za crnogorske članove Zajedničke radne grupe i 1. oktobra 2013. godine u Prištini za kosovske članove Zajedničke radne grupe – kako bi se informisali o cilju prekogranične saradnje, tehničkim detaljima izrade programa ovog dokumenta i o njihovim ulogama kao članovima Zajedničke radne grupe.
- Organizovana su tri sastanka Zajedničke radne grupe, prvi 18. oktobra 2013. godine u Peći kako bi se razmotrio nacrt situacione analize ovog dokumenta, drugi 15. novembra 2013. godine u Podgorici kako bi se razmotrio nacrt programske strategije ovog dokumenta i treći 25. februara 2014. godine u Podgorici kako bi se predstavio drugi nacrt dokumenta;
- Zapadno-balkanski regionalni forum je organizovan 21. i 22. novembra u Beogradu, gdje su predstavnici Kosova i Crne Gore predstavili postupak programiranja i glavne karakteristike nacrta programskih dokumenata dostavljenih Evropskoj komisiji do 15. novembra 2013. godine;
- Javne konsultacije su održane u Crnoj Gori (30. oktobra 2013. godine) i na Kosovu (13. maja 2014. godine), a povratna informacija je uzeta u obzir tokom pripreme konačnog nacrta dokumenta;
- Komisija je dala komentar na prvi i drugi nacrt dokumenta i prijedlog o poboljšanju pripreme konačne verzije dostavljene Komisiji 25. maja 2014. godine.